El sistema penitenciario de Baja California Sur se encuentra entre los estados con peores calificados, de acuerdo con un estudio del Observatorio de Prisiones de la asociación civil Documenta.

Las violaciones a derechos humanos, la tortura y la corrupción son algunos de los puntos que el Gobierno de Baja California Sur reprobó.

La entidad se ubicó en la novena posición entre los peores calificados dentro del Índice Global por Estado con un promedio de 0.4, por debajo de Tlaxcala, Guerrero, Quintana Roo, Hidalgo, Morelos, Puebla, Ciudad de México y Estado de México.

El INDHPOL se compone de 8 dimensiones que reflejan, por una parte, las condiciones de vida reportadas por las personas privadas de la libertad en la Encuesta Nacional de Población Privada de la Libertad 2016 (ENPOL) y, por otra parte, Cuadernos Mensuales de Información Estadística Penitenciaria Nacional (OADPRS), Diagnóstico Nacional de Supervisión Penitenciaria (CNDH), Censo Nacional de Gobierno, Seguridad Pública y Sistema Penitenciario (INEGI). Los datos presentados corresponden al año 2017.

En la estimación concerniente a corrupción, las cárceles sudcalifornianas ocuparon el noveno sitio con 0.14. Se posicionó en tercer lugar con 0.80 en el tema referente al índice de tortura y malos tratos. Sin embargo, las autoridades estatales en el rubro de mejores condiciones fueron mejor calificados con un puesto el 15 escalón con 0.47.

En lo referente a gobernabilidad en los centros penitenciarios, BCS apareció como el sexto peor calificado de México con 0.32, mientras al hacinamiento de reclusos en el escalón número 18 con 0.11. En  cuestión de derechos humanos cae a la posición número cinco con 0.78, pero al hablar de presupuesto obtuvo un 0.28. Por último, salió bien librado al hablar del índice de personal con 0.05.

En el Diagnóstico Nacional de Supervisión Penitenciaria 2018, elaborado por la Comisión Nacional de Derechos Humanos, colocó al Centro de Reinserción Social (Cereso) de Santa Rosalía, como uno de los peores calificados en esta materia.